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門診藥局除一般調劑作業之外，尚有專職藥師於藥物諮詢窗口處理藥物諮詢...附設醫院地下一樓藥劑部內，主要負責臨床藥學、教學、臨床試驗及行政等各項業務。

　　 臺北醫學大學附設醫院藥劑部設有門診調劑組、住院調劑組、特殊製劑組、臨床藥學組以及藥品管理組。目前人員編制設部主任、部副主任、組長、藥師、事務員、工讀生。

門診調劑組業務　　門診調劑組位於附設醫院一樓藥局，負責門診、急診和出院領藥服務。門診全面採用電子醫令系統，平均候藥時間約10分鐘。門診藥局除一般調劑作業之外，尚有專職藥師於藥物諮詢窗口處理藥物諮詢服務、持續製作並提供各項病患用藥指導單張、定期於門診候藥區舉辦病患用藥教育及新進藥品及取代藥品製作樣本公告等服務。

特殊製劑組業務　　特殊製劑組位於附設醫院地下一樓住院藥局內。特殊製劑組處理院內之全靜脈營養輸注液及化學治療藥品之調配作業，全靜脈營養輸注液調配室及化學治療藥品調配室分別位於各自之無菌室中調配作業。全靜脈營養輸注液調配除了固定配方之外，藥師並會參與全靜脈營養小組之討論，為特殊病患之需求調配特殊配方。化學治療藥品調配作業已使用線上醫令處方，負責門診及住院病人化學治療藥品之調配作業。

臨床藥學組業務　　臨床藥學組位於附設醫院地下一樓藥劑部內，主要負責臨床藥學、教學、臨床試驗及行政等各項業務。臨床藥學包含加護病房(內科、外科、急重症及新生兒加護病房)病患用藥使用評估、用藥連貫性整合、藥物血中濃度監測、藥物不良反應通報與評估及出院病患用藥指導；教學包含藥學實習生訓練、兩年制新進醫事人員訓練及國內外交換學生訓練規劃與執行；臨床試驗包含試驗計畫審核、試驗開始說明會及試驗用藥進藥、發藥與餘藥管理等；其他行政含藥物不良反應工作小組、抗生素管理小組、藥訊之編輯、處方集定期修訂及出版，並提供院內醫療人員及民眾用藥諮詢。

藥品管理組業務　　藥品管理組主要負責院內藥品之採購、麻醉藥品之管理、新進藥品之審查、藥事委員...