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綠色和平東亞分部董事會負責：審批年度預算和年度報告，任命與監督綠色和平東亞分部執行總監，並委任受託人出席國際綠色和平年度大會，參與綠色和平的全球管治。董事會成員由具投票資格的志工及其他綠色和平分部成員所組成的投票成員大會選出。

綠色和平東亞分部的管理團隊包括執行總監、專案總監、財務總監、募款及公眾參與總監和行政與區域發展總監，負責專屬範圍下的日常運作。當中，執行總監帶領管理團隊，並參與綠色和平全球總監會議和其他國際會議，決定全球行動方向。團隊帶領組織投入在地事務，指導環境專案工作的發展和方向，同時支持綠色和平全球的行動和使命。